MBR中空纖維膜的化學清洗的流程大概是這樣：配制合適的化學清洗劑、將化學清洗劑與清洗液進水充分的混和、將混合了化學清洗劑和清洗液的溶液倒入MBR中空纖維膜、用清水將化學清洗的殘余物質都清洗到。其化學清洗的方式主要分為維護性清洗、恢復性清洗和離線清洗。
一、維護性清洗
維護性清洗的目的在于，對其MBR中空纖維膜表面以及孔隙內的污染物質出去，控制粘結層的增厚以及膜間壓差的上升，保證系統的運行穩定。維護性清洗保持一周一次的頻率即可，如果污染情況比較嚴重，就需要提高頻率。
二、恢復性清洗
每三個月或抽吸壓超過設定值時就需要進行恢復性清洗，恢復性清洗的目的是恢復MBR中空纖維膜的通量，讓膜間壓差恢復到初期值的狀態。使用NaClO清洗過后，如果膜間壓差海水比較高，就需要分析是否是無機物造成的污堵。如果是無機物造成的污堵，需要采用酸藥劑，比如1%草酸、1%檸檬酸等進行清洗。
三、離線清洗
離線清洗即浸沒清洗。當恢復性清洗無法讓膜間壓差恢復時，又或者是機器設備的故障導致膜間附著了許多的污泥，就需要把MBR中空纖維膜組件整體浸泡在藥劑里面，將其造成污堵的物質去除，使其膜間壓差恢復到初期值的狀態。采用離線清洗能夠非常有效地去除MBR中空纖維膜里面的污染物質。
四、處理清洗過后的余氯
余氯會讓MBR中空纖維膜產生氧化，還會影響產水的水質，因此無論采用何種清洗方式，去除余氯都是重中之重的事情。應該使用產品水對MBR中空纖維膜進行沖洗，將其余氯一并沖洗出去。防止余氯對MBR中空纖維膜造成可能的傷害。
對MBR中空纖維膜進行化學清洗，能夠很好地去除膜表面及其中空纖維膜絲孔隙里面的污染物質，能使其膜通量盡快恢復。在進行化學清洗時，需要注意配制的藥劑pH值不能超過其耐受pH值的范圍。
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